La Casa del Deán fue construida entre 1564 y 1580 por encargo de Tomás de la Plaza y Goes, tercer deán de la Catedral. El INAH la considera una de las obras arquitectónicas más antiguas que permanecen en Puebla.

Su valor está también en lo que revela sobre el crecimiento temprano de la ciudad: el edificio fue un ensayo arquitectónico que antecedió a trabajos posteriores de la Catedral.